脑萎缩的治疗主要是病因治疗，以去除和控制引起脑萎缩的病因为主。比如脑出血、脑梗死、多发性硬化、炎性脱髓鞘脑病等病因，就要进行抗炎、抗凝、调节免疫等治疗，去除病因后，脑萎缩可能会得到控制。
其次，可以应用一些药物来营养神经，如胞磷胆碱钠、维生素B1、维生素B6、维生素B12、艾地苯醌、谷维素、辅酶q10等等。
最后，针对不同的症状，如记忆力下降、认知功能下降、行动不便、语言不清等，可以进行针灸治疗。
