孕妇查地中海贫血的费用较高主要是因为以下原因：
1. 检测方法复杂：地中海贫血是一种遗传性疾病，需要进行基因检测才能确定是否患病。基因检测需要使用高端设备和技术，费用较高。
2. 检测过程繁琐：地中海贫血的检测需要进行多次检测，包括血液检测、基因检测等，需要多次采样和检测，费用相应也会增加。
3. 医疗资源有限：地中海贫血是一种罕见病，医疗机构和专业医生相对较少，因此检测费用相对较高。
4. 风险较高：地中海贫血是一种严重的遗传性疾病，如果不及时检测和治疗，可能会对孕妇和胎儿造成严重影响，因此医疗机构和医生需要进行更加谨慎的检测和治疗，费用相应也会增加。
综上所述，孕妇查地中海贫血费用较高主要是因为检测方法复杂、检测过程繁琐、医疗资源有限和风险较高等原因。