是的，非淋菌性尿道炎长期不愈可能会导致不孕。原因如下：
1. 炎症影响精液质量：非淋菌性尿道炎会导致精液中的精子数量和质量下降，从而影响受孕能力。
2. 炎症影响生殖器官功能：炎症会对生殖器官造成损伤，影响其正常功能，从而导致不孕。
3. 炎症引起免疫反应：炎症会引起免疫反应，导致免疫系统攻击精子，从而影响受孕能力。
4. 炎症引起输精管阻塞：炎症会引起输精管阻塞，从而导致精子无法正常进入射精液中，影响受孕能力。
因此，非淋菌性尿道炎长期不愈会对男性生殖系统造成不可逆的损伤，从而导致不孕。建议及时就医治疗。