氟脲嘧啶软膏对扁平疣确实有效。其原因在于，氟脲嘧啶是一种抗代谢药物，能够抑制病毒的DNA合成，从而阻断病毒的复制和传播。在治疗扁平疣时，氟脲嘧啶软膏通过局部应用，直接作用于疣体，破坏疣体内的病毒细胞，促进疣体的消退。
此外，氟脲嘧啶软膏还具有一定的免疫调节作用，能够增强机体的免疫力，提高对病毒的抵抗能力。这对于防止扁平疣的复发具有重要意义。
然而，需要注意的是，氟脲嘧啶软膏并非适用于所有扁平疣患者。在使用前，应先咨询医生，了解自己的病情是否适合使用此药。同时，在使用过程中，可能会出现一些副作用，如皮肤刺激、红肿等，如果出现这些症状，应及时停药并就医。
总的来说，氟脲嘧啶软膏是治疗扁平疣的有效药物之一，但使用时需谨慎，遵循医嘱，以确保安全有效。