败血症的治疗应在尽可能去除感染病灶的基础上，积极进行病原治疗。病原治疗应个体化，根据药物敏感试验选择抗菌药物，在未获得病原学资料前，可行经验性抗菌治疗。严重病例应采用降阶梯治疗。经验治疗是根据患者年龄、原发疾病、免疫状态、可能的入侵途径等推测病原菌种类，结合当地病原菌耐药流行状况，针对性地选用抗菌药物。

降阶梯治疗适用于危及生命的严重病例，以迅速控制病原菌，对细菌学未明的严重败血症，应经验性应用疗效好的抗菌药物，获得致病菌后，根据药物敏感试验调整方案或临床症状改善然后采用窄谱抗菌药物，败血症也常采用抗菌药物联合治疗，联合用药是希望获得相加或协同作用，增强疗效。