肛瘘又称肛门直肠瘘，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，是发生在肛门直肠周围的脓肿破溃或者手术切开引流后的后遗病变。肛瘘其实和肛周脓肿是同一疾病的两个阶段。肛瘘的发病率在国内统计大约在2%，婴幼儿也可发病，主要见于男孩，成人的发病年龄一般以20~40岁青壮年为主。

典型的肛瘘是一根通畅的完整的管道，一头在肛窦，另外一头在肛门外面，或者直肠壁。而非典型性肛瘘有外盲瘘，内盲瘘，有可能单纯有外口没有内口，有些是单纯有内口而没有外口。