童年情绪障碍的治疗后容易复发，治疗一般选用抗抑郁剂和抗焦虑药物进行治疗。药物治疗的指征是对那些确实存在显著症状的患儿，在经过环境调整，心理治疗，行为治疗等没有明显改善的患儿，要建议使用比较系统的药物，以尽快的控制症状，恢复社会功能和避免继发行为和个性问题的出现。