生殖疱疹主要是病毒感染所致，所以在用药上主张采用抗病毒药物治疗。但针对继发感染或症状反复的患者，还可以通过抗生素药膏或中成药膏进行治疗。
1、抗病毒软膏
生殖器疱疹首选抗病毒药膏治疗，其中较常使用的有阿昔洛韦软膏、干扰素凝胶等，对于生殖疱疹均存在显著效果。但针对症状比较严重的患者，单纯使用外用药治疗效果不好，必要时需配合更昔洛韦、泛昔洛韦等口服类药物进行治疗。
2、抗生素药膏
生殖疱疹护理不当时，易引发红肿、渗出、皮肤溃烂等细菌感染症状，明确后应及时应用抗生素药膏进行治疗，如红霉素软膏、莫匹罗星软膏等。以减轻患者不适，并降低生殖疱疹的传染性和复发性。
3、中成类药膏
上述药物虽然效果明显，但一般不建议长期使用，以免造成耐药性，或导致皮肤敏感。因此，针对症状反复发作的患者，病情稳定期可转为中成类药膏治疗，如青鹏软膏、苦参疱疹酊等。