非淋菌性尿道炎根治方法有很多，抗生素治疗、中成药治疗及物理治疗。同时，还需要注重生活调理治疗，平时要清淡饮食，保证清洁卫生，禁止性生活，这样有助于治疗。
1、抗生素治疗
非淋菌性尿道炎首选药物是四环素类药物如多西环素等；大环内酯类如阿奇霉素等，或者联合使用氟喹诺酮类药物氧氟沙星等。
2、中成药治疗
除了西药抗生素之外，也可以配合使用中成药进行治疗，目前常用的中成药物有八正胶囊、萆薢分清丸、热淋清颗粒等，这些药物以清热解毒为主，也可配合一些提高患者身体免疫力的中药，以免导致疾病再次发作。
3、物理治疗
包括坐浴、热疗及各种理疗仪治疗，这些疗法可促进炎症吸收，改善血液循环，缓解患者疼痛，并起到引流作用。
4、生活调理治疗
想要根治非淋菌性尿道炎，治疗期间要注重生活调理，除了清淡饮食，多吃易消化食物之外，还需要严禁性生活，保证身体清洁卫生。
