非淋菌性尿道炎用药物大多数情况下可以治好，而本病常用的药物有大环内酯类抗生素、喹诺酮类抗生素、四环素类抗生素等。
1、喹诺酮类抗生素：喹诺酮类抗生素可以通过抑制病原体DNA螺旋酶，影响DNA的合成，从而使得病原体死亡。这类药物具有强效、不易产生耐药以及长效等优点，常用的是环丙沙星片、氧氟沙星片等，而且不良反应相对较少。
2、大环内酯类抗生素：大环内酯类抗生素对于沙眼衣原体与解脲支原体所导致的非淋菌性尿道炎都有效，主要适用于对四环素禁忌或不耐受者，例如阿奇霉素片、罗红霉素分散片等。不过要注意的是，此类药物具有中上腹痛、恶心、食欲减退等胃肠道不良反应，同时对药物成分过敏者需禁用。
3、四环素类抗生素：四环素类抗生素可以抑制病原体蛋白质的合成，从我有效抑制病原体生长。这类药物对支原体、沙眼衣原体等都有效，常用的是盐酸四环素片、米诺环素片等，不良反应是腹泻、呕吐、恶心等。
非淋菌性尿道炎患者需注意局部皮肤卫生、干燥，勤换内裤，不要跟他人共用清洁和洗漱用具，毛巾、衣物的清洗区分开。
