如果高危性行为感染了艾滋病毒，可以在头两周左右进行检查，主要检测血液中的艾滋病抗体，而艾滋病抗体的发生一般是2周到12周。如果开始选择试验呈阳性，应进行确诊试验，一旦确诊为艾滋病毒感染，就需要尽快接受治疗，以免耽误改善疾病的最佳时间。
在接触艾滋病高危人群三周后，应进行了艾滋病毒检测，大多数感染者都能被检测出来。但如果结果是阴性，就不能完全排除HIV感染，尽管一些学者认为，选择第四代艾滋病检测试剂进行检测，但两周的阴性可以排除HIV感染的可能性。现在中国疾病预防控制中心，疾病窗口期是高危后三个月和高危后六周，这个阶段不进行系统检查，很难确诊疾病。
大多数医生认为，艾滋病检测后，结果为阴性，可以排除HIV感染，但初次高危接触后再次出现高危行为的人群、服用药物的人群和最近承受过大手术的人群，检测过程中需要多加注意。以上这类患者可能需要在六周内被检测出来，这种情况下最好到正规传染医院检查，一般检出率可以达到100%。
艾滋病三期可以用第三代艾滋病检测试剂，如果在高危显露12周后获得阴性结果，就能排除感染的可能性。第三代艾滋病检测试剂，也是世界各地医院和CDC最常用的检测试剂，它是检测艾滋病特异性抗体。此外，艾滋病特异性抗体是人体免疫系统在接触艾滋病毒后发生的，抗体仅在人体感染病毒时出现，可作为HIV感染的间接标志物。
临床检查两周的HIV抗体检测呈阴性，就不能排除艾滋病的感染，由于艾滋病有一个窗口期，一般以为是半年。如果两周内HIV抗体呈阴性，应该定期进行艾滋病抗体筛查，六个月后再次呈阴性，可以排除这些行为导致艾滋病毒感染的可能性。因此分析艾滋病三期多久可以检测出来，是一个非常复杂的问题。