1.内口的存在原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管，再次形成新的瘘管。这是肛瘘复发的关键之所在。对于肛瘘，很多不专业的医师往往找不到全部的内口，只是把表面的瘘口消除掉，而没有解决最关键的内口，致使肛瘘一再反复发作。
2.肛门部不能静养，脓腔不易粘合在排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
3.肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。
4.脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道。
5.管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。
除此之外，还有一些疾病也是形成肛瘘的原因，比如结核克隆重氏病、溃疡性结肠炎等。
6.小儿骶骨曲尚未形成，肛门内括约肌紧张度较弱，粪便易直接压迫肛管处齿线，肛窦黏膜擦破，易使细菌侵入致病。
7.小儿常因尿布皮炎，刺激肛门周围皮肤，形成肛门周围皮下脓肿与肛窦相通，而成肛瘘。
8.新生儿皮脂腺分泌亢进，感染形成肛周皮下脓肿与肛窦相通，而致肛瘘。
9.新生儿生理性免疫机能不全，易发生肛门感染，形成肛瘘。
