1.控制传染源 健全疫情报告，根治疟疾现症患者及带疟原虫者。
2.切断传播途径 主要是消灭按蚊，防止被按蚊叮咬。清除按蚊幼虫孳生场所及使用杀虫药物。个人防护可应用驱避剂或蚊帐等，避免被蚊虫叮咬。
3.提高人群抗病力 疟疾疫苗接种有可能降低本病的发病率和病死率，但由于疟原虫抗原的多样性，给疫苗研制带来较大困难。目前研制的主要是子孢子蛋白和基因疫苗，尚未能供现场应用。
疟疾疫苗、艾滋病疫苗与结核病疫苗已成为全球优先发展的三大疫苗。我国自主研制的“重组疟疾疫苗”已获得国家药品监督局及世界卫生组织的批准，进入临床试验。
化学药物预防是目前较常应用的措施。对高疟区的健康人群及外来人群可酌情选用。常用氯喹，口服0.3g/次，1次/周。在耐氯喹疟疾流行区，可用甲氟喹0.25g/次，1次/周。亦可选用乙胺嘧啶25mg/次，或多西环素0.2g/次，1次/周。
提富乐喹（tafenoquine）是一种8-氨喹类抗疟药，曾在加纳用安慰剂对G6 PD正常的人和非妊娠妇女做过预防恶性疟的随机、双盲研究，结果显示在用药的13周内，每周口服25mg组的预防效果为32%，50mg组为84%，100mg组为87%，200mg组为86%，不良反应少而轻，认为是一种较好的恶性疟预防用药。
目前正广泛用于临床病例治疗的青蒿琥酯不宜用作疟疾预防药物，以免疟原虫对它产生耐药性，从而缩短其临床应用周期。
