引起吞咽困难最常见的原因是各种食管疾病，其次是口咽部疾病、与吞咽有关的神经肌肉病变及某些全身性疾病。
1.口咽部疾病
咽喉部结核或肿瘤（包括恶性肉芽肿）、咽后壁脓肿等咽喉部疾病均可引起吞咽障碍，多数经专科对症治疗后，吞咽梗阻感能得到改善或解除。
2.食管疾病
治疗原则一般是积极治疗各种食管的原发病，在此基础上进行适当的对症支持治疗。
（1）反流性食管炎 选用提高食管下括约肌张力，增强食管蠕动药，可应用多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等促胃肠动力剂及胃黏膜保护剂（铋制剂、铝碳酸镁、复方三硅酸镁或硫糖铝等），也可选用法莫替丁等H2受体拮抗药或奥美拉唑等质子泵抑制剂。
（2）贲门失弛缓症、食管弥漫性痉挛及其他下食管括约肌高压症 为了使平滑肌松弛，可口服硝酸异山梨酯（消心痛）等钙通道阻滞药或舌下含化硝酸甘油等；症状重者可每次静脉注射丁溴东莨菪碱（解痉灵）；如药物治疗效果不满意时，可考虑行食管下段狭窄部扩张术或外科手术治疗。近年来，已开展在内镜直视下行狭窄部注射肉毒杆菌毒素治疗贲门失弛缓，其疗效有待追踪。
（3）食管癌 一旦确诊应尽早手术，如果患者已失去了手术时机，为了提高其生活质量或延长其生命，可考虑行狭窄部扩张、放置支架治疗，也可应用激光或高频电灼烧梗阻部位，以获得暂时的缓解效果。
3.与吞咽有关的神经肌肉病变（如脑卒中）的康复治疗
（1）轻度吞咽障碍 取有利于进食的体位；强调食物的性质，从流食逐渐过渡到普食；强调意念运动训练。
（2）中、重度吞咽困难 增加口面部肌群的运动、舌运动和下颌骨的开合运动；咽部冷刺激；空吞咽运动训练；呼吸功能训练。
