肛窦炎，又称之为“肛隐窝炎”、“肛腺炎”，多是由于患者的肛窦由于多种原因导致患者出现局部的炎症反应的一种感染性的疾病。但是，随着病情的进展，患者的炎症反应范围扩散，可以导致肛门乳头、肛周组织等部位出现炎症反应，继而化脓，形成一种化脓性的疾病。
首先，需要了解肛门的部位和结构。人的肛门分为直肠和肛管两大部位。人体的直肠上部较宽，但是从中部往下，直肠会逐渐变细，整个直肠的直径缩窄，以肛门处为窄小。因直肠的缩小并不规则，整个肠腔随着组织直径的收缩，肠壁的粘膜不规则的折叠，形似衣袖，临床医学上直观的称为肛柱。两个衣袖间有半月形的皱襞连接，临床医学上称之为肛门瓣。这三个结构，形成了一个半封闭的结构，略呈现为漏斗状，开口的方向朝上。这就是肛隐窝的结构。
肛窦炎之所以会发生，很大程度上，是由于肛窦组织的特殊结构，这是造成肛窦炎的主要的原因。肛窦所处的位置位于直肠的末端，正好是与肛管进行交接的位置，因此，肛窦所处的空间相对狭小，并呈现出一个外型为环形的凹陷样，形似漏斗，极其容易堵塞，造成局部的肛窦炎症。
造成肛窦炎病因，还可能是由于肛窦“截留”的异物堵塞肛窦腺管诱发。由于肛窦形态似漏斗，容易截留经过的粪便，而肛窦的底部具有肛门腺、肛门腺导管等管道，可以分泌出粘液性组织，从而润滑大便。若是肛窦内出现异物，就如同一个漏斗被异物堵塞，极其容易导致局部的管道通畅受阻，腺体分泌受阻，容易诱发炎症反应。
造成肛窦炎的病因，还可能是由于患者的消化功能较弱。当患者吞食了较硬无法消化的食物，如鱼刺、骨头等，可由于消化无力，造成粪便的质地较为干硬，肠管的润滑能力不足，导致局部损伤肛窦的黏膜，并继发出现细菌感染，诱发肛窦炎。
另外，还可能由于不干净饮食造成肛窦炎。肛窦中所接触到的粪便中，可以含有大量外界摄入的细菌，通过摩擦和接触，细菌可以通过局部的红肿黏膜侵入血液，从而诱发肛窦内感染。由于肛窦内含有大量的肛门腺导管、肛门腺，细菌感染可以通过管道蔓延，因此，肛窦炎多可以诱发多种肛门-直肠类型的症状。
因此，对于肛窦炎，主要是由于每个人的肛窦呈现一个半开口的漏斗状，并且其开口多朝上，在粪便经过时，极其容易出现积存粪便和异物，从而诱发感染的一种感染性疾病。其次，由于肛窦内含有多种分泌性的管道，会导致炎症反应蔓延，诱发进一步的化脓性疾病，如肛周脓肿等。
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