深部脓肿主要是因为感染因素所引起的，大多都是从直肠的肛管壁内出现蔓延所导致的，肛隐窝是脓肿最主要的病因之一，其他的肛管壁的破裂损伤，例如肛裂、异物损伤等都是常见的感染原因之一。

深部脓肿是肛周脓肿中的一种，肛周脓肿主要分为浅部脓肿与深部脓肿，浅部脓肿一般是在肛周的皮下小脓肿，感染源大多是由外面而入的，一般是因为局部不清洁、浅表的擦伤或是在肛门周围注射药物等因素所引起的。除此之外，直肠肛管周围脓肿也很有可能是因为癌症、盆腔炎症及尿路感染等因素造成的，以及一些和肛管相关的疾病所导致的。

深部脓肿的治疗，主要是以手术治疗为主的。浅表组织的深部脓肿，则需要以切开引流手术为主。如是深部组织的脓肿，则主要是以腹腔的内部脓肿多见，大多是由急性胆囊炎、急性阑尾炎、消化道穿孔等疾病病变所诱发的，对于这类情况，则需要通过手术治疗原发病，同时还需结合抗生素药物进行抗炎治疗，从而治愈病变。