松果体囊肿手术风险比较大，而且创伤较大。松果体区域属于脑部中央深部位置，该位置密集各类血管，脑组织以及神经等，手术很可能会造成患者脑部眼球障碍，大出血，昏迷等，严重会导致死亡。
一般情况下，医生不会安排松果体囊肿患者手术。除非囊肿引起梗阻性脑积水，导致患者出现了头疼，恶心，甚至昏迷等。另外，如果松果体肿瘤比较大，且有实质性成分，很可能有松果体肿瘤，也需要及时安排手术。
松果体囊肿手术主要通过脑室镜进行操作，由于该位置比较深且创伤大，暴露困难，传统手术风险相对较大，所以做脑室镜手术比较合适。通过脑室镜向双外耳道连线方向穿刺从而进入脑室当中，将松果体位置囊肿切破，待该区域的囊液流出后，囊肿会消失。
松果体囊肿手术后，患者要在医生指导下注意术后保养，避免伤口感染。同时患者要多吃一些新鲜瓜果蔬菜，不要吃过于刺激性食物，饮食方面要注意营养均衡，尽量吃一些容易消化的食物。