矮小症的发病原因有多种。首先，遗传因素是较为重要的一方面，若家族中有矮小症患者，后代患病几率可能会增加。其次，生长激素缺乏或分泌不足也会导致矮小症，这可能是由于垂体等相关部位出现问题所致。
再者，营养不均衡也不容忽视，如长期缺乏某些关键的营养素，如蛋白质、钙、锌等，会影响生长发育。内分泌疾病，如甲状腺功能低下等，也可能引发矮小症。某些慢性疾病，如长期慢性感染、慢性肝病、肾病等，会使机体处于消耗状态，从而影响生长发育。
此外，不良的生活习惯，如长期熬夜、缺乏运动等，也可能对生长发育产生不利影响。总之，矮小症的发病原因较为复杂，包括遗传、激素水平、营养、内分泌以及生活方式等多方面因素，对于疑似矮小症的患者，应及时就医进行全面检查，以便明确病因，采取针对性的治疗措施。