粪便检测的临床应用主要有肠道感染性疾病、肠道寄生虫病、消化吸收功能过筛试验的鉴别诊断。
1.肠道感染性疾病：粪便检测是诊断急、慢性腹泻必需的实验室检测项目如肠炎、细菌性痢疾、阿米巴痢疾，霍乱、假膜性肠炎、肠伤寒等除一般性状观察外，粪便涂片及培养检查有确立诊断及鉴别诊断的价值。
2.肠道寄生虫病：如蛔虫病、钩虫病、鞭虫病、蛲虫病、姜片虫病、绦虫病、血吸虫病等，可根据粪便涂片找到相应虫卵而确定诊断。
3.消化吸收功能过筛试验：慢性腹泻患者常规的粪便镜检，若有较多淀粉颗粒、脂肪小滴或肌肉纤维等，常提示为慢性胰腺炎等胰腺外分泌功能不全，可进一步应用放射性核素技术，作脂肪消化吸收试验、蛋白质消化吸收试验或糖类消化吸收试验。
总之，粪便检测在临床诊断和治疗中扮演着重要角色，为医生提供了宝贵的信息，有助于提高医疗质量和患者健康水平。