上呼吸道感染的病原体主要包括病毒和细菌两大类。其中，最常见的病毒包括流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒等；而常见的细菌则包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌等。
病毒是引起上呼吸道感染的主要病原体之一。流感病毒是一种RNA病毒，分为甲型、乙型和丙型三种亚型。其中，甲型流感病毒变异性较大，容易引起流行性感冒。腺病毒是一种DNA病毒，可引起急性上呼吸道感染、结膜炎等症状。呼吸道合胞病毒则是一种RNA病毒，主要感染婴幼儿和老年人，导致严重的下呼吸道疾病。
细菌也是引起上呼吸道感染的重要病原体之一。肺炎链球菌是一种革兰氏阳性球菌，可引起肺炎、中耳炎、鼻窦炎等多种疾病。流感嗜血杆菌是一种革兰氏阴性杆菌，可引起喉炎、扁桃体炎、支气管炎等疾病。卡他莫拉菌则是一种革兰氏阴性杆菌，可引起鼻咽部炎症、喉炎等症状。
其他微生物如真菌、支原体等也可能引起上呼吸道感染。例如，白色念珠菌是一种常见的真菌，可引起口腔、咽喉等部位的感染；肺炎支原体则是一种介于细菌和病毒之间的微生物，可引起肺炎、支气管炎等疾病。
在治疗上呼吸道感染时，需要根据不同的病原体选择合适的药物进行治疗。常用的抗病毒药物有利巴韦林、奥司他韦等；抗菌药物有青霉素类（如阿莫西林）、头孢菌素类（如头孢克肟）等；抗真菌药物有氟康唑、伊曲康唑等。