通常情况下，支气管镜检查不会有后遗症。
支气管镜检查是一种将细长的支气管镜经口或鼻置入患者的下呼吸道，即经过声门进入气管和支气管以及更远端，直接观察气管和支气管的病变，并根据病变进行相应的检查和治疗的方法。在正规操作下，它对诊断和治疗多种肺部及气道疾病有重要意义。比如对于不明原因的咯血，通过支气管镜可以直接观察出血部位，明确病因，为后续的精准治疗提供依据；对于肺部占位性病变，能获取病变组织进行病理检查，以确定病变的性质，这对于制定合理的治疗方案至关重要。而且在一些肺部感染性疾病的诊断中，支气管镜可以深入到病变部位，采集分泌物进行病原学检查，有助于明确病原体，从而选择敏感的抗菌药物进行治疗。
在检查后，可能会出现一些短暂的不适，如咽喉部疼痛、声音嘶哑等，这主要是因为支气管镜在插入过程中对咽喉部黏膜造成了一定的刺激，一般经过休息和适当的对症处理后，这些症状会在短时间内自行缓解，不会对身体造成长期的不良影响。
进行支气管镜检查前需告知医生自身的病史、过敏史等信息，检查后要按医生的嘱咐休息和饮食，避免剧烈运动和刺激性食物。