通常宝宝发烧39度睡觉时可以盖被子，但不宜过厚。
宝宝发烧时，身体的体温调节中枢功能会受到一定影响。此时盖被子，一方面能起到保暖作用，避免宝宝在睡眠中因外界温度较低而着凉，防止病情进一步加重。另一方面，适度的温暖环境有助于宝宝身体的血液循环，让身体的新陈代谢能在相对稳定的状态下进行，利于身体的自我修复和调节。当宝宝感觉温暖舒适时，也能更好地进入深度睡眠状态，而良好的睡眠对于宝宝恢复体力、增强免疫力是非常重要的。
不过，被子不能盖得太厚。宝宝已经发烧到39度，身体处于高热状态，如果盖得过厚，会影响热量的散发，就像给身体裹了一层保温膜，使得体温进一步升高，可能会引发高热惊厥等严重后果。而且，过厚的被子还可能会让宝宝感到闷热不适，影响睡眠质量，不利于身体恢复。
在宝宝发烧39度睡觉时，家长要密切关注宝宝的状态。可以定时测量体温，观察宝宝是否有出汗等情况。如果宝宝出汗较多，要及时用柔软的毛巾擦干，防止汗水浸湿衣物导致宝宝再次着凉。同时，要保持室内空气流通，让宝宝能呼吸到新鲜的空气。