肾结石在凌晨和半夜痛的原因有体位变化、尿液浓缩、激素水平变化、神经调节异常、输尿管痉挛等。
1.体位变化：在睡眠中，人体的体位会不断发生改变。当体位变动时，肾脏内的结石位置也可能随之移动，从而刺激肾盂、输尿管等部位的黏膜，引发疼痛。可适当调整睡眠姿势，寻找相对舒适的体位，减少结石移动对黏膜的刺激。
2.尿液浓缩：凌晨和半夜时，人体处于相对静止状态，水分摄入减少，尿液生成相应减少且浓缩。浓缩的尿液中各种成分析出，容易使结石周围的局部环境发生变化，刺激结石周围组织，导致疼痛。睡前适量饮水，可稀释尿液，减轻尿液浓缩对结石的影响。
3.激素水平变化：夜间人体的激素水平会发生波动，某些激素的变化可能影响输尿管的蠕动和肾盂的压力。例如，夜间抗利尿激素分泌增加，导致尿液生成减少，肾盂内压力相对升高，促使结石对周围组织的刺激增强，引发疼痛。保持规律的作息，有助于维持激素水平的相对稳定。
4.神经调节异常：夜间人体的神经系统调节功能可能出现一些变化，对疼痛的敏感性增加。结石对周围组织的刺激在夜间更容易被感知，从而使疼痛症状更加明显。可通过放松身心，如深呼吸、冥想等方式，缓解神经紧张。
5.输尿管痉挛：结石在输尿管内移动时，可能会引起输尿管平滑肌痉挛。夜间人体的生理状态相对特殊，输尿管平滑肌更容易受到刺激而发生痉挛，导致剧烈疼痛。可尝试热敷疼痛部位，缓解输尿管痉挛。
日常应避免过度劳累，保持充足睡眠，日常多喝水，定期复查肾结石情况。