一般情况下，漱口水在刷牙后使用更好。
刷牙的主要目的是清除牙齿表面、牙缝间以及口腔内的食物残渣、软垢和牙菌斑等。通过刷牙，能较为彻底地清洁口腔大部分区域，但在刷牙过程中，牙刷可能无法触及到口腔的某些角落，而且刷牙后口腔内还可能残留一些细菌和异味。此时使用漱口水，能进一步清洁口腔。漱口水含有杀菌、抑菌成分，如氯己定等，刷牙后使用漱口水可以对口腔进行二次清洁和消毒，抑制细菌滋生，减少口臭，预防龋齿、牙周炎等口腔问题。
如果在刷牙前使用漱口水，虽然也能起到一定的清洁和抑菌作用，但由于之后还要刷牙，漱口水的部分功效可能会被刷牙动作所替代。而且，刷牙过程中牙膏与牙齿充分摩擦，能更好地发挥清洁和保护牙齿的作用，之后再用漱口水进行补充清洁，能达到更理想的口腔护理效果。
当然，在某些特殊情况下，比如吃完重口味食物后暂时不方便刷牙时，也可以先使用漱口水应急清洁口腔，减轻异味和细菌滋生，但条件允许时，还是应该尽快刷牙并再使用漱口水进行巩固清洁。