原发性脑干损伤的临床表现主要有昏迷、瞳孔和眼球变化、去大脑强直、生命体征变化、锥体束征等。
1. 昏迷：
昏迷是原发性脑干损伤最常见且突出的表现。伤后患者立即陷入持续昏迷状态，昏迷程度较深，持续时间较长，很少出现中间清醒期或中间好转期。这是由于脑干网状结构受损，导致上行网状激活系统功能障碍，无法维持大脑皮质的兴奋性。
2. 瞳孔和眼球变化：
瞳孔变化多样，可表现为双侧瞳孔不等大、大小多变，或双侧瞳孔极度缩小如针尖样，也可出现双侧瞳孔散大固定。眼球位置可出现异常，如双眼同向凝视、眼球分离等，这与脑干内动眼神经核、滑车神经核、展神经核等受损有关。
3. 去大脑强直：
是一种较为严重的表现。患者表现为四肢伸直、肌张力增高、呈角弓反张状态，这是由于中脑红核与前庭核之间的联系中断，导致伸肌反射亢进。去大脑强直多提示脑干损伤严重，预后不良。
4. 生命体征变化：
呼吸、循环功能紊乱较为常见。可出现呼吸节律不整、呼吸浅快或深慢，甚至呼吸停止。循环方面可表现为血压波动、心率失常等。因为脑干内有呼吸中枢和心血管运动中枢，损伤后导致这些中枢功能失调。
5. 锥体束征：
可出现肢体瘫痪、肌张力增高、腱反射亢进及病理反射阳性等。这是由于脑干内的锥体束受损，导致神经传导障碍，引起相应的肢体运动功能异常。
原发性脑干损伤病情严重，恢复困难。患者需在专业医护人员的密切监护下接受治疗，积极配合各项检查和治疗措施，以争取最佳的治疗效果。