肝囊肿的治疗方法有药物治疗、穿刺抽液治疗、介入治疗、中医治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：对于较小且无症状的肝囊肿，部分药物可起到一定辅助作用。如熊去氧胆酸胶囊，能调节胆汁成分，可能对肝囊肿的发展有一定抑制作用；多烯磷脂酰胆碱胶囊，可保护肝细胞，改善肝脏代谢，利于囊肿周围肝细胞的修复；还原型谷胱甘肽片，具有抗氧化作用，能减轻肝脏的氧化损伤，从而对肝囊肿的病情有一定帮助。均需遵医嘱使用。
2.穿刺抽液治疗：当肝囊肿较大并产生压迫症状时，穿刺抽液可缓解症状。通过超声引导下将穿刺针插入囊肿内，抽出囊液，减轻囊肿对周围组织的压迫。因为抽出囊液后，囊肿体积减小，能降低对肝脏及周围脏器的压迫，改善患者不适。
3.介入治疗：对于不能耐受手术或不愿手术的患者，介入治疗是一种选择。如在影像设备引导下，向囊肿内注入硬化剂，破坏囊肿的内皮细胞，使囊肿逐渐萎缩。因为硬化剂能使囊肿壁发生无菌性炎症，导致囊壁粘连、闭合，从而达到治疗肝囊肿的目的。
4.中医治疗：中医可通过辨证论治来调理肝囊肿。如服用中药方剂，常用柴胡疏肝散等，能疏肝理气，改善肝脏的气血运行，对肝囊肿有一定的调理作用；也可采用针灸等方法，刺激穴位，调节脏腑功能，促进肝脏的气血畅通，缓解肝囊肿引起的不适。
5.手术治疗：对于巨大肝囊肿、囊肿合并出血或感染等情况，手术治疗是有效的方法。如囊肿开窗术，切除部分囊肿壁，引流出囊液，使囊肿与腹腔相通，让囊液逐渐被吸收。因为手术能直接去除囊肿或改善囊肿的病理状态，从根本上解决肝囊肿带来的问题。
患者应保持良好的生活习惯，饮食清淡，避免过度劳累和剧烈运动，定期进行肝脏超声检查。若发现肝囊肿有增大、出现疼痛等异常情况，应及时就医。