肛裂通常发生在肛门瓣和肛门缘之间、内括约肌最下部浅面。初起只是肛管皮肤裂口，有的裂到皮下组织或括约肌。裂口呈线形或梭形，将肛管扩张，则呈圆形或卵圆形，边缘整齐，底浅有弹性，由纵肌将裂底与内括约肌分开。如治疗得当，可以痊愈。
肛裂部位通常发生在肛六上皮部分，有前、后、中之分。据统计，肛裂患者中约有60%发生在肛门后方，30%发生在肛门前方，10%发生在肛门中间位置。女性肛裂大者发生在肛门前方。这是由于肛门孔被前方的耻骨和后方的尾骨所紧紧固定，且能左右伸缩，而前后则伸缩性小，故硬便通过时容易受伤。
由于内括约肌常痉挛收缩，裂口供血不足，且受到粪便和肛腺分泌物的刺激、感染，使裂口边缘增厚、周围充血、底硬，可见内括约肌环肌纤维。其感觉敏感，轻微刺激可引起的剧烈疼痛。
裂口下端皮肤因炎症改变，浅部静脉和淋巴回流阻碍，引起水肿和纤维变性，形成结缔组织外痔。裂口上端肛门瓣和肛乳头水肿和纤维变性，形成肥大乳头。
裂口的侧缘纤维变硬，周围组织发生脓肿，破溃到肛管，形成肛瘘。
裂口询问内括约肌纤维变性明显，处于痉挛状态，肛管压力增高。
总之，肛裂可见到裂口、结缔组织外痔、肛窦炎、肛门梳硬结和瘘管几种病理改变。
肛裂所产生的疼痛是难以忍受的，有人形容痛得无法动弹，也有人形容像被火烧、火烫的一样，这种剧痛，有的数分钏即结束，有的可延续数小时。但在肛裂初期这种情况很少有。
这是肛裂伤口的疼痛，影响到肛门内括约肌，引起反射性痉挛所致。
有很多人，一量肛裂恶化，而变成带有慢性炎症的溃疡，就会有痉挛的经验。此时只要稍微洗一下温水澡，疼痛即逐渐消失。
因而，一旦发生肛裂症状，应当在病症初期就要加以重视并结合治疗方案，直至肛裂病痛得到有效的治疗得以痊愈，可以避除由于肛裂病痛带来的一系列的痛苦。切忌待到肛裂病情恶化再处之。