在临床上引起肠炎的病因有很多，不同的病因引发不同的肠炎类型，临床桑最常见的肠炎有病毒性，真菌性，寄生虫，了解肠炎的种类有助于针对性的对肠炎进行治疗。
1.病毒性肠炎多见于犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬猫冠状病毒、猫泛白细胞减少病病毒等引起的肠炎。在病毒性肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因。
2.细菌性肠炎多见于大肠杆菌、沙门氏菌、空肠弯曲杆菌、梭菌等引起的肠炎。细菌性肠炎的致病菌以痢疾杆菌最常见。
3.真菌性肠炎多见组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白念珠菌等引起的肠炎。真菌性肠炎以白色念珠菌引起的最多。
4.寄生虫性肠炎多是由于鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫、钩虫等寄生虫引起的肠炎。
5.饮食导致的肠炎，患者因为食用了异物、污染或腐败变质食物、刺激性化学物质、某些重金属中毒引起的肠炎。
6.药物导致的肠炎，是指在日常生活中在对疾病的治疗时滥用抗生素，以至于改变了肠道内的微生物群，出现抗生素耐受的菌株而引起的肠炎。
此外，患者长期的消化不良，一段时期内的水质变化过大，非细菌性炎症，胃原性慢性腹泻，肝胆疾病所致的慢性腹泻，内分泌代谢障碍疾病都是引起肠炎的原因。休息没有规律和精神过度紧张也是引起此病的一个原因。
肠炎患者在日常生活中要加强锻炼，增强体质，不要吃病死牲畜的肉和内脏。肉类、禽类、蛋类等要煮熟后才可以食用，不喝生水，生吃瓜果要烫，要养成饭前便后 洗手的良好习惯。