1.药物治疗
(1)质子泵抑制剂(PPIs) 为内科治疗首选药物，剂量宜较大，如奥美拉唑、泮妥拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑等。症状控制后以小剂量维持治疗。有证据表明，PPIs长期治疗后可缩短 Barrett黏膜长度，部分病例BE黏膜上有鳞状上皮覆盖，提示PPIs能使BE部分逆转，但很难达到完全逆转。PPIs治疗还可使BE中肠化生及异型增生消退，表明PPIs可阻止BE病情发展，增加鳞状上皮逆转的机会，减少恶性变的危险。
(2)促动力药(多潘立酮，伊托必利等) 此类药物能减少胃食管反流，控制症状，但疗程较长。如多潘立酮，伊托必利 ，常与PPIs同时应用，以增加疗效。
(3)其他 黏膜保护剂亦有一定疗效，可改善症状，与PPIs合用效果更佳。
2.内镜治疗
随着内镜治疗技术的发展，近年来内镜下消融治疗(EATs)已应用于临床。EATs可分为热消融、化学消融和机械消融三大类。热消融又包括多极电凝术(MPEC)、氩光凝固法(APC)和激光(KTP、YAG等)。化学消融主要指光动力学治疗(PDT)，其基本原理为先将光敏剂如血紫质等静脉注射使其定位于食管的化生或异型增生或腺癌上皮，通过非热力的光化学反应而致局部组织坏死。机械消融则在内镜下运用萃吸、切除等方法。EATs加PPIs抑酸治疗是目前治疗BE及BE伴异型增生的有效方法，使BE上皮消失或逆转为鳞状上皮，疗效可达70%～100%，并发症发生率较低。但EATs使用时间不长，病例数不多，随访时间较短，其疗效还需时间检验，而且对化生上皮逆转后能否降低腺癌发生率尚待进一步评价。有明显食管狭窄者可进行食管探条或球囊扩张术，但其疗效较短暂，可能需多次扩张。
3.手术治疗
手术适应证为：
(1)BE伴严重的症状性反流，内科治疗无效者。
(2)食管狭窄经扩张治疗无效者。
(3)难治性溃疡。
(4)重度异型增生或癌变者。
