1.单纯性溃疡 原因不明，好发回盲部的圆形或卵圆形深溃疡，组织学表现为非特异性炎症，缺乏白塞病的口腔溃疡、外阴溃疡、眼炎等临床特异性表现。
2.非特异性溃疡性结肠炎 溃疡是从直肠始向上发展可至全结肠，且有连续性、表浅性、弥漫性、非特异性等特点。黏膜充血、水肿，慢性者可有假性息肉形成，肠腺隐窝底部聚集大量中性粒细胞，形成特征性的小隐窝脓肿以及隐窝脓肿融合破溃形成黏膜糜烂或浅溃疡，一般限于黏膜或黏膜下层。隐窝脓肿是非特异性溃疡性结肠炎较有意义的特征。
3.克罗恩病 好发于回盲部，为节段性病变，典型者黏膜有“铺路石”征象，全肠壁均有炎性改变是其特征性表现。肠壁或肠系膜淋巴结可见有典型的肉芽肿改变，中心是类上皮细胞、多核巨细胞及纤维结构，无干酪样坏死，具有诊断意义。可合并口腔溃疡、眼炎、皮肤红斑等肠外表现，但外阴溃疡罕见。
4.肠结核 肠结核多继发于开放性肺结核;病变主要涉及回盲部，有时累及邻近结肠，结核菌素试验阳性，缺乏白塞病的口腔溃疡、外阴溃疡、眼炎等临床特异性表现。对鉴别有困难者，建议先行抗结核治疗观察疗效。有手术适应证者可行手术探查，病变肠段与肠系膜淋巴结病理组织学发现干酪样坏死性肉芽肿可获确诊。
5.急性阑尾炎 急性腹痛起病，常有转移性右下腹痛，压痛限于麦氏点，血象白细胞计数增高显著，一般无白塞病的口腔溃疡、外阴溃疡、眼炎等临床表现可资鉴别，有时需剖腹探查才能明确诊断。
6.其他 还应和淀粉样变病、缺血性肠炎、结肠憩室炎等鉴别。