可采用全身治疗及局部治疗。由于阴道滴虫常伴泌尿系统的滴虫感染，并可隐藏在子宫颈腺体、阴道皱襞及尿道下段，故单纯局部用药不易彻底消失，停药后易复发，使疾病经久不愈。因此应首选全身治疗，并主张单剂量一次给药，且需连续3次月经期后复查滴虫阴性者方为治愈。滴虫病患者的性伴侣必须同时治疗。
全身治疗
(1)口服灭滴灵，0.2～0.4g，每日3次，10天为1疗程。局部用娇妍洁阴洗液或1∶5000的硝酸银冲洗尿道并适量溶液保留3～5分钟。 因月经后本病易复发，故下次月经过后最好再治疗1疗程，以巩固疗效。用本药治疗期间应避免饮酒及酒精饮品，以免引起戒酒硫样反应。并注意药的副作用。
(2)硝马唑：每次250毫克，每天2次，服用6天;或用1%乳酸、娇妍洁阴洗液冲洗阴道后再用娇妍凝胶消毒剂，置入阴道内，每晚1次，共10天。
(3)氟硝咪唑：每次200毫克，每天3次，连服5天。
(4)蛇床子：蛇床子30克，黄连15克，狼毒6克，白藓皮30克，水煎，熏洗外阴，每天2次。
(5)日常清洁私处要用pH4弱酸性女性护理液，娇妍女性护理液可以维护阴道“自净作用”，抑制阴道毛滴虫致病感染。
局部治疗
1、增强阴道防御能力：用0.5%的乳酸或醋酸溶液冲洗外阴阴道，或用pH4弱酸性女性护理液冲洗阴道。
2、用灭滴灵200mg或娇妍凝胶消毒剂，每晚塞入阴道后穹窿，7～10天为一疗程。若先用上述弱酸性女性护理液清洗阴道后再放入药栓，则效果更佳。
特殊治疗
1、孕妇的治疗：由于甲硝唑对啮齿动物有致癌作用，对细菌也有致突变作用,故妊娠头3个月内不应服用，而应以局部治疗为主，但疗效不理想。对于妊娠中期以后仍有严重症状的病人可以考虑甲硝唑2.0g一次顿服疗法。
2、性伴侣的治疗：滴虫病患者的性伴侣必须同时接受治疗，方法剂量相同。
