必须与下列疾病作鉴别。
1.强直性脊柱炎 本病好发于40岁以下男性，不满20岁发病的更为多见，也有腰痛与腰椎强直，血细胞沉降率增快，很容易与脊柱结核混淆不清。但本病100%有骶髂关节炎症。没有全身中毒症状，X线检查看不到骨破坏与死骨，胸椎受累后会出现胸廓扩张受限等临床表现，足以鉴别。
2.化脓性脊柱炎 化脓性脊柱炎发病急，有高热及明显疼痛，进展很快，早期血培养可检出致病菌。X线表现进展快，其特征性X线表现可资鉴别。
3.腰椎间盘突出 腰椎间盘突出无全身症状，有下肢神经根受压症状，血细胞沉降率不快。X线片上无骨质破坏，CT检查可发现突出的髓核。
4.脊柱肿瘤 脊柱肿瘤多见于老年人，疼痛逐天加重，X线片上可见骨破坏累及椎弓根，椎间隙高度正常，一般没有椎旁软组织肿块影。
5.嗜酸性肉芽肿 嗜酸性肉芽肿多见于胸椎，患者年龄通常不满12岁，整个椎体被均匀性压扁成线条状，上、下椎间隙完全正常。没有发热等全身症状。
6.退行性脊椎骨关节病 退行性脊椎骨关节病为老年性疾病，有普遍性椎间隙变窄，邻近椎体上下缘硬化发白，有骨桥形成，没有骨质破坏与全身症状。