单纯性肾囊肿的治疗，必须综合考虑囊肿对肾脏和全身的影响，并视囊肿的发展而定。若上述情况并不明显，宜密切随访观察，不必急于治疗。由于单纯性肾囊肿发展慢，不一定损害肾脏，且发现时多数患者年龄已较大，近年来在治疗方面趋于保守。
1.一般处理
无肾实质或肾盂肾盏明显受压，无感染、恶变、高血压或上述症状不明显时，即使囊肿较大，亦不主张手术，而应采取B超检查密切随访。
2.抗生素治疗及穿刺引流
当继发感染时，鉴于抗生素能穿透囊壁，进入囊腔，可首先采用抗生素治疗和超声引导下穿刺引流。失败无效时再考虑开放手术。若证实囊肿有癌变或伴发肾癌，应尽早手术治疗。
3.穿刺和硬化剂治疗
囊肿直径大于4cm时可行穿刺和硬化剂治疗，硬化剂的选择应慎重。四环素具有硬化和预防感染双重作用，疗效达96%，副作用小。磷酸铋疗效亦佳，44%囊肿完全消失，52%缩小，无严重并发证。
4.手术治疗
当上述处理无效，症状或囊肿感染明显时，可行囊肿去顶术或肾部分切除术。如因囊肿导致患肾严重感染，肾功能已严重受损而对侧肾功能正常时，可作肾切除术。
