胃肠道地霉菌病临床表现似肠胃炎，伴胃痛及腹泻，需与念珠菌性或阿米巴痢疾相鉴别。
1.肠胃炎是胃黏膜和肠黏膜发炎，由食物中毒引起。症状包括：严重呕吐和腹泻，常连带有腹部痛性痉挛及绞痛、发烧、出汗。分急性肠胃炎和慢性肠胃炎两大类。急性肠胃炎是夏秋季的常见病、多发病。
2.念珠菌是阴道内的一种常见的菌种，在月经期前后、停经期或生产后，当阴道酸度减少，霉菌和细菌之间正常的平衡被破坏时，念珠菌数量会急速增加而造成感染。其特征是灰白色乳酪状白带，其痒无比。最常发生在糖尿病患者、孕妇等免疫力较差的妇女，或是穿著太紧密的长裤也可能发生。
3.阿米巴痢疾(amebic dysentery)是由溶组织内阿米巴(entamoeba
histolytica)寄生于结肠内引起的疾病，常称为肠阿米巴病或阿米巴结肠炎。也可从肠道扩延至其他脏器或直接蔓延至邻近组织，尤其是肝脏，成为脓肿。