治疗的主要措施是激素替代治疗，纠正激素分泌不足。
1.甲减治疗
(1)一般治疗 补充铁剂、维生素B12、叶酸等，食欲不振，适当补充稀盐酸。
(2)替代治疗 TH替代治疗。左甲状腺素(L-T4、雷替斯Letrox、优甲乐)，顿服，2～3个月后根据甲状腺功能测定调整用量以长期维持。干甲状腺，顿服，2～3个月后根据甲功测定调整用量以长期维持。
(3)黏液水肿性昏迷治疗 静脉注射L-T3，患者清醒后改为口服。无注射剂者给予T4片或干甲状腺，经胃管给药，清醒后改为常规替代治疗。适当补充体液及病因治疗。
2.继发性性腺功能低下治疗
男性患者可用促性腺激素类药物治疗，如人绒毛膜促性腺激素或人绝经期促性腺激素。在睾酮替代疗法期间应注意药物的副作用，如睾酮在体内芳香化为雌二醇，改变血清睾酮与雌二醇比值，可发生乳房触痛或男性乳腺女性化;外源性睾酮可抑制促性腺激素释放和睾丸精子生成，对未生育的继发性性腺功能低下患者应慎用。治疗期间应定期化验肝功能和血红细胞。
然而多发性缺陷(如肾上腺皮质不足合并糖尿病相互作用可使治疗变得复杂)，一个内分泌功能减退的患者应观察其以后数年中另一个腺体缺陷出现，性腺衰竭用促性腺激素治疗无效，并且慢性黏膜皮肤念珠球菌病通常对治疗不敏感，内分泌衰竭早期，免疫抑制剂量环孢霉素可能有益于某些患者。