如果瘘管得不到及时治疗，在长期炎症的刺激下有恶变的可能。如乳头状瘤及管内癌。
1、乳头状瘤 乳头状瘤是乳头表皮的鳞状上皮细胞呈乳头样增生的病变。发病年龄多在中老年。起病隐袭，临床表现无特异性，以上腹部症状居多，如胸骨后痛、吞咽困难、胃灼热感等，尚有便血、缺铁性贫血。呕吐为主要症状者少，患者往往因胃部疾病作胃镜检查时偶然发现。
2、乳管内癌就是癌生长在末梢乳管的小叶内。文献报告，乳管内癌发病占乳腺癌的3' 3%-5 . 6%，因为癌细胞不断的增长，使末梢乳管进行性扩张，融合后和中小乳管一样大小。研究人员发现该处的上皮细胞受雌激素刺激敏感性强，并容易引起不同程度的间变。由于受雌激素影响，细胞不断的增生，向细胞腔内生长，互相搭桥，呈乳头状或实体状，细胞失去极性，间变加重，并突破基底膜，形成乳管内癌。