1.细菌学检查
痰和支气管肺泡灌洗液涂片和培养为最常见的检查方法，涂片抗酸染色(Ziehl-Neelsen)阳性，但检出率低，且不能与结核分枝杆菌作鉴别。需作培养和生化检查如烟酸试验，过氧化氢酶试验和芳香硫酸酯酶活性等。
但检验时，不能及早得到检验结果，近年有一些快速培养和菌型鉴定方法已有临床应用。
2.胸部X线检查
常显示单、双侧上肺野纤维结节状阴影，当病情进展时病灶扩大融合，且边界模糊，并出现薄壁空洞，空洞周围浸润及播散病灶较少，慢性空洞呈厚壁和蜂窝状影，两肺下叶尖段病灶亦常见。糖尿病及其他免疫抑制者常表现为中、下野小结节状病灶，较少见胸腔积液。高分辨度胸部CT 扫描能更清晰显示肺部病灶，以及伴随的多发性支气管扩张。