1.鸟胞内复合体分枝杆菌
(1)免疫健全者 ①小结节状/支气管扩张性病变：克拉霉素或阿奇霉素+EMB+RFP。②空洞性病变：克拉霉素或阿奇霉素+EMB+RFP±链霉素或阿米卡星。③晚期(重症)或原先治疗过敏患者：同空洞性病变的治疗，但去除RFP。
(2)免疫抑制者(HIV/AIDS) ①最初预防：适用于CD4+计数小于50～100μL的患者。②治疗：克拉霉素+EMB+RFP，口服;另选阿奇霉素+EMB±RFP，口服。③二次预防：预防是必要的。选择克拉霉素或阿奇霉素+EMB;另选克拉霉素或阿奇霉素或RFP。
2.堪萨斯分枝杆菌
INH+RFP+EMB。如果RFP耐药，可选INH+维生素B6+EMB，再联合SMZ-TMP，直至培养阴性。
3.蟾蜍分枝杆菌
方案未定。可试用大环内酯类+RFP/RFB+EMB±SM，或RFP+INH+EMB，最近有研究提示大多数伴HIV感染患者不需要治疗。
4.玛尔摩分枝杆菌
外科切除，偶尔有化疗指征，方案未定。
5.溃疡分枝杆菌
方案未定。RFP+AMK或FMB+SMZ-TMP。外科切除最重要。
6.戈登分枝杆菌
方案未定。可以考虑RFP+EMB+KM或环丙沙星。
7.嗜血分枝杆菌
方案未定。外科剥离术可能需要。
8.海分枝杆菌
克拉霉素或米诺环素或多西环素，或SMZ-TMP，或RFP+EMB，外科切除。
9.猿猴分枝杆菌
方案未定。开始4药联合，同播散型鸟胞内复合体分枝杆菌。
10.日内瓦分枝杆菌
应用≥2种药联合，如EMB、RFP、RFB、氯法齐明、克拉霉素。环丙沙星无效。
11.隐秘分枝杆菌
合理方案未定。多数采用克拉霉素+EMB+环丙沙星±RFP。
12.龟分枝杆菌(脓肿亚型和龟亚型)
皮下脓肿切除联合化疗，可选克拉霉素口服。阿奇霉素亦有效。在严重播散性病例最初2～6周联合AMK+亚胺培南或头孢西丁。
13.偶然分枝杆菌
理想方案未定。感染灶外科切除。化疗可用(AMK+头孢西丁+丙磺舒)。口服两种敏感药物6～12个月通常有效。美甲沙龙获得性感染米诺环素、多西环素或环丙沙星4～6个月有效。