堪萨斯分枝杆菌在脓肿和坏死组织中可查到抗酸杆菌。

堪萨斯分枝杆菌表皮层增厚，角质增生伴角化不全。真皮内慢性肉芽肿性炎症，见有单核或多核巨细胞，可伴小脓肿或坏死。