肺毛霉病由于发病凶险，病死率很高。两性霉素B及外科清创术，对并发疾病的治疗，纠正电解质紊乱，纠正酸中毒等有疗效，病死率开始降低。两性霉素B的剂量一般为每天1mg/kg体重，为减少肾脏合并症，总量不应超过3～4g。氟康唑400mg/d也获较好疗效。毛霉性脑脓肿采用两性霉素B静脉及心室内注射，并外科抽脓等综合疗法获得成功。
1.鼻脑毛霉病
(1)抗真菌药物：
①两性霉素B：是由结节链霉提取所得，对本病疗效佳，静脉滴注效果最好。先以1mg溶于5%葡萄糖液注射以测定其是否过敏，逐渐增加至每天 1mg/kg。应用更快递增法，先用1mg测试剂量，数小时后即可用10～15mg，每12小时增加1次，直至患者病情稳定或改善。再用同剂量隔天1次，每次静脉注射宜持续6h以上，效果最佳。有主张局部灌洗疗法以及眼和鼻部包敷疗法(用1mg/ml浓度)。对鼻脑毛霉病所用的疗程不明确，应视患者临床疗效及感染清除情况而定。但应持续数周至数月或更长，长疗程应使总剂量达2.5～4.0g，过早停药可复发。
②其他抗真菌药物：
A.氟胞嘧啶(5-FC)：有报道本药与利福平或四环素类或与两性霉素B有协同作用，因此有人建议用5-FC再加低剂量两性霉素B治疗，以减少两性霉素B的毒性。
B.两性霉素B脂质体：可降低毒性，并增加两性霉素B的防治效果。
(2)外科扩创：尽量清除坏死组织。使两性霉素B(两性霉素B)容易到达病灶，有鼻旁窦炎时亦应清洗引流，如有视网膜动脉栓塞、眼炎或眼球波及时应摘除眼球。
(3)控制潜在疾病：纠正糖尿病患者的酸中毒及脱水，但在应用激素的免疫抑制患者、白血病或慢性肾病、免疫及代谢障碍的患者常不易治疗。
2.肺毛霉病
药物治疗：两性霉素B(两性霉素B)治疗肺毛霉病同鼻脑毛霉病。最近报道两性霉素B加利福平600mg/d有效，因此两药合用对各种酵母及真菌有协同作用。