虹膜异色性葡萄膜炎的病因是比较复杂的，感染就是常见的病因之一，这里所说的感染因素可能是来自于内源性的，也可能为外源性感染所致，如果葡萄膜、视网膜、视网膜血管受到细菌、虹膜异色性葡萄膜炎真菌、病毒、寄生虫、立克次体等的侵犯，或者是受到眼内容物的伤害，就很容易引起炎症的发生，也有可能会诱发抗原抗体及补体复合物而引起虹膜异色性葡萄膜炎，还可通过病原体与人体或眼组织的交叉反应而引起免疫反应和炎症。
虹膜异色性葡萄膜炎的病因，氧化损伤：如果由于某些原因导致氧自由基代谢产物大量增加，就会直接导致组织损伤和虹膜异色性葡萄膜炎的发生，有时候还可能诱导其他炎症介质的释放，加重炎症反应。