肛管癌的临床表现易与肛瘘、息肉、肛裂、肛周脓肿、性病肉芽肿、肛管皮肤结核、肛周皮肤癌相混淆，应予鉴别。
1.直肠癌 中下段直肠癌同样以血便、大便习惯改变较频、里急后重等为主诉，有的肿瘤可侵犯齿状线，造成临床上难以区分直肠癌或肛管癌。但只要注意到直肠癌肛门疼痛较少见或较韧，指检或直肠时可以判定肿瘤中央位置在齿线上或下。另外，活检直肠癌多数为腺癌。直肠腺癌较少有腹股沟淋巴结转移，除非晚期，上行淋巴道堵塞才逆行至腹股沟淋巴结。一般直肠腺癌的预后较肛管癌为佳。
2.肛瘘 临床上多见，一般以肛旁脓肿开始，局部疼痛明显，脓肿破溃后形成瘘，疼痛亦随之减轻。肛瘘多数在肛管后正中处，并与齿状线相连，肛管黏膜完整。有时形成硬结或条索状。指检时挤压可见瘘口流出脓性分泌物，往往在坐浴和抗感染后症状好转。肛瘘用探针检查即可证实，如疑有癌变，则应活检明确诊断。
3.肛周皮肤癌 肛周皮肤癌常伴肛门不适、明显瘙痒、肛门缘有小肿物并逐渐增大，生长缓慢、疼痛较轻，形成溃疡后有腥臭分泌物，边缘隆起外翻。活检为分化较好的鳞状细胞癌，角化多，恶性度低，不易发生转移，放射治疗效果良好。检查时只要细心观察，可见肿瘤中心点是在肛门缘以下。尽管已发生溃疡，腹股沟淋巴结转移也不多。
4.恶性黑色素瘤 该肿瘤在肛管处少见，典型的黑色素外观似血栓性内痔，但触诊为硬性结节，偶有压痛。表面有色素及溃疡，诊断不难。值得注意的是，半数黑色素瘤可无色素而致误诊。活检可确诊。