根据临床症状和实验室检查可以确诊。
鉴别诊断
①肝包虫囊肿：常有疫区居住史，包虫皮试阳性。
②肝脓疡：有炎症表现，常有化脓性疾病或痢疾史，超声显像所见并无清晰薄壁，液性占位周边有炎症表现。
③巨大肿瘤中央液化：超声可见病灶内同时有液性与实质性占位。
肝囊肿需与以下几类疾病进行鉴别。
1.肝内占位性病变
肝肿瘤、肝脓肿等易与本病混淆。但通过详细询问病史及体格检查，结合B超等特殊检查，一般不难鉴别。肝肿瘤多为实质占位性病变;肝脓肿有明显的中毒症状，部分未完全液化的肝脓肿则表现为浸润性占位病变。对完全液化之脓肿行B超引导下经皮穿刺既可达到治疗目的，又可明确诊断。
2.腹内肝外性囊肿
胰腺囊肿、肠系膜囊肿、胆囊积水、胆总管囊肿、巨大卵巢囊肿等均为囊性病变，但根据各自的特征通过B超并辅以相应的特殊检查多可做出鉴别诊断。
3.肝棘球囊肿
患者多来自牧区，有羊、牛等动物接触史，囊肿张力较大，触之硬韧，叩之有震颤，多数患者血嗜酸粒细胞增高，补体结合试验阳性，以及间接免疫荧光检查和被动血凝集试验均有助于鉴别。B超检查寄生虫性肝囊肿有厚的纤维性囊壁，有时囊壁伴有钙化，囊腔内可见虫体物质。
4.多囊肝
一般多与多囊肾并存，可通过询问家族史，检查其他脏器有无囊肿进行鉴别。
