当出现肾功能衰竭时的处理与流行性出血热相同。
一般钩体病相关的肾病多发生在病程的第4天，所以一旦怀疑钩体病就应立即首选青霉素G(Penicillin G)，越早应用效果越好，该药对钩体有迅速杀灭作用。常用剂量为40万U，肌内注射，每6～8小时1次，疗程7～10天，部分患者用青霉素治疗后出现赫氏反应(治后加重反应)，赫氏反应常发生在首剂注射后0.5～4h内，表现为突起寒战、高热或超高热，继之大汗，发热骤退，重者可发生低血压或休克。为减少或避免赫氏反应的发生，青霉素首次剂量宜小(5万～20万U)，以后再加大剂量。对青霉素过敏者可用多西环素(强力霉素)，尽量不选用对肝肾功能有损害的药物如四环素、庆大霉素等。
缺血后再灌注损伤的主要原因与钙离子内流而导致的细胞内钙超负荷有关，因此采用动脉注射钙通道阻断药维拉帕米同时加静滴强效利尿药，治疗钩体病相关性急性肾功能衰竭，具有改善肾小球滤过率(GFR)、降低血清肌酐、增加尿量等疗效。
关于透析在钩体病相关肾衰中的应用，一般可采用腹膜透析，但当有严重的氮质血症或(和)肠麻痹时，则考虑血液透析。若能配合应用静脉高营养补充，则效果更好。若患者有出血倾向者，可应用小剂量肝素或无肝素透析。对伴有肝肾功能不良的重症钩体病患者，通过上述治疗方案也可明显降低病死率。