本病的一般表现是，患者先感肛门处坠胀痛或刺痛，可扪及一硬块，压痛，继之疼痛加重，痛性肿块增大，并可出现畏寒、发热。在3～5天后局部可形成脓肿。低位脓肿局部症状重而全身症状轻;高位脓肿全身症状重而局部症状轻。脓肿可自行向肛管直肠内破溃自发排出脓液，排脓后疼痛缓解，全身症状好转或消失。形成肛瘘以后脓肿可反复发作。
由于脓肿发生部位不同，其症状体征也各有特点：
1.肛周皮下脓肿 占肛管直肠周围脓肿的40%～45%，位于肛门、肛管下部的皮下组织内，上方由筋膜与坐骨直肠间隙分隔。多发生于肛门后侧方。肛门区肿胀疼痛是本病的主要症状。检查时可见局部红肿，压痛及痛性硬块，化脓后有波动感，自行穿破者可见破口及脓液。本病诊断较易，如疑有脓肿形成，作穿刺即可证实。
2.坐骨直肠窝脓肿 占肛周脓肿的15%～25%，位于坐骨直肠窝内。坐骨直肠间隙呈楔形，在肛提肌与坐骨之间，底向下是肛门和坐骨结节之间的皮肤，尖向上在闭孔内肌筋膜与肛提肌的膜连接处。炎症初起时常觉肛门部不适或微痛，继之出现全身症状，如头痛、体温升高、脉搏加快、畏寒等，同时局部疼痛加重，坐卧不安，排便时疼痛尤重。有排尿困难，里急后重。查体时可见肛门旁肿胀，皮肤紫红变硬，指诊可扪及坐骨直肠窝饱满隆起、触痛。早期作坐骨直肠窝穿刺是发现脓肿的最简单有效办法。
3.骨盆直肠间隙脓肿 约占肛周脓肿的2.5%～9%，骨盆直肠间隙位于盆腔内，下为肛提肌，上为盆腔腹膜，后有直肠和侧韧带。前方男为膀胱和前列腺，女为子宫和阔韧带。脓肿发生后主要表现为全身中毒症状，肛门局部表现不明显，指诊在肛提肌上方可摸到肿胀和触痛。由于感染位置较深，早期诊断不易，故对全身性感染中毒症状，乃至感染性休克而找不到病灶者要考虑本病可能，B超或CT检查可帮助诊断。
4.马蹄形脓肿 马蹄形脓肿是在肛门、肛管后方及两侧蔓延的脓肿，多数在后方，由后中肛腺感染所致或一侧脓肿向对侧蔓延所致，可分为高位马蹄形脓肿和低位马蹄形脓肿。临床表现除全身感染症状外，局部表现为肛管后方肿胀及触痛，后期破溃流脓。
1.临床症状 肛周持续性剧痛、受压或咳嗽时加重;可有全身乏力、发热等感染表现。
2.体征 肛旁皮肤有明显红斑，伴硬结和触痛，可以波动感,为肛周脓肿;直肠指诊，患侧有压痛性肿块为坐骨直肠窝脓肿;直肠上部的前侧壁外有压痛、隆起为骨盆直肠脓肿;直肠指诊在直肠后壁有压痛、隆起和波动感，为直肠后壁脓肿。高位肌间脓肿，肛周外观无特殊，直肠指诊在肛管上端或下端扪及表面光滑、卵圆形、边缘整齐、质硬、压痛的肿块，或有波动者为高位肌间脓肿。
3.肛门镜检 有时可看到开口，若在周围加压，还可见到脓液自开口流出。