西医鉴别诊断：
1.气性坏疽：为厌氧菌感染之脓肿，肛门旁突然发生肿块，迅速蔓延扩大，肿块内可触到捻发音是其特征，全身症状有高烧，倦怠，精神萎靡，白血球急骤下降，患者出现昏迷和极度衰弱状态。
2.肛旁疖肿及毛囊炎：为化脓性细菌感染所致，皮肤鲜红灼热，中心有一小白头，肿块表浅。细菌窜入皮下繁殖化脓形成的脓肿，易溃易敛，治疗后不会形成肛瘘。毛囊炎好发于尾骨及肛门周围，有排脓的外口和浅窦道，特征是在外口内有毛发和小毛囊。
3.粉瘤与囊肿：未感染前，皮肤原有一皮色不变，柔软不痛之肿块;感染后，局部才出现红肿热痛症状，肿块破溃或切除后，易愈合。
4.化脓性汗腺炎：好发于肛周皮下，有广泛的病区和多个流脓的疮口，疮口之间可彼此相通，形成皮下瘘道，但瘘道不与直肠相通，病区皮肤增厚，色素沉着，并有广泛慢性炎症和瘢痕形成。
5.骶骨结核在肛旁形成脓肿：有结核病史，病程漫长，症状不显著，患者呈虚弱羸瘦体质，X线摄片骨质坏死是其特征。
6.骶前畸胎瘤：多发于青少年女性。指检摸不清楚骶骨面，并在此处可触到分叶、无痛、有囊性感之肿块。钡剂灌肠侧位X线片，可见骶骨和直肠之间有距离和肿块，未破溃前可见钙化阴影，如若感染化脓，其症状与结果和直肠后脓肿相似。
中医鉴别诊断：1.臀痈：可发生于肛门周围之臀部皮下，脓肿浅在而病变范围广泛，皮肤增厚
变硬，溃后流脓。
2.坐板疮：可发于尾骨及肛周皮下，局部红肿热痛，根浅，脓出即愈，或此愈
彼起。
3.骶骨前畸胎瘤：有时与直肠后脓肿相似，多为先天性，指诊直肠后肿块光滑，无明显压痛，有囊性感，X线检查可见骶骨前肿物将直肠推向前方，可有散在钙化阴影。
4.锁肛痔：非急起，肿块坚硬固着，表面溃烂，凹凸不平，表面常有脓血分泌
物，恶臭污秽。
5.息肉痔、悬珠痔：非急起，肛门部无红肿热痛，全身无恶寒发热等症。
