混合型RTA是兼有Ⅰ、Ⅱ型RTA的临床特征，故发病原因也兼有Ⅰ、Ⅱ型RTA的特征。
1.原发性疾病
散发的和遗传的。
2.继发性疾病
骨质石化症，神经性耳聋，碳酸酐酶B缺乏或功能减低，丙酮酸羟化酶缺乏，遗传性果糖耐量下降，胱氨酸沉积症、Lowe综合征、Wilson病等。
3.药物和中毒
两性霉素B、甲苯。重金属(铅、镉、汞、铜、锂)，碳酸酐酶抑制剂，服用过期四环素。
4.钙代谢异常
原发性钙沉积肾病，特发性高钙血症，维生素D过量或中毒，甲状腺功能亢进，甲状旁腺功能亢进。
5.全身免疫性疾病和高丙种球蛋白疾病
特发性高丙种球蛋白血症、多发性骨髓瘤、系统性红斑狼疮、舍格伦综合征、甲状腺炎、肝硬化、原发性胆管硬化、慢性活动性肝炎。
6.间质性肾疾病
梗阻性肾病、肾移植排斥反应、镰状细胞血红蛋白病、海绵肾、止痛剂肾病。