化脓性颅骨骨髓炎最常见的并发症是化脓性脑膜炎，硬脑膜外或下脓肿及脑脓肿。其症状体征及治疗方法已如前所述。上述并发症均有一定生命危险，即使经积极治疗而抢救了生命，但术后仍常留有一些神经系统功能障碍，如智力降低、肢体瘫痪及癫痫发作、脑积水等后遗症。然而单纯的化脓性颅骨骨髓炎如及时治疗，除术后遗有颅骨缺损外，很少发生其他的后遗症。