LTEC的症状不一，主要取决于裂的类型。大多数在出生后喂养时出现呼吸困难。其他症状还可以有发音嘶哑、发绀、呛咳、分泌物增多和反复吸入性肺炎等。

患儿喂食后出现呛咳、呼吸困难、唾液多、哭声低等表现时，应考虑喉气管食管裂的可能，应行结合喉镜和X线检查，可明确诊断。