1.肝纤维化并发症 晚期血吸虫病患者并发食管下段或胃底静脉曲张者占2/3以上。曲张静脉破裂引起上消化道大出血者占16.5%～31.6%，是血吸虫病性纤维化的主要并发症，临床症状为大量呕血与黑粪，可引起血压下降与失血性休克，病死率约15%。约半数患者有反复多次大出血史。上消化道大量出血后可出现腹水或并发肝性脑病。肝性脑病在晚期血吸虫病较门脉性与坏死后肝硬化为少，国内报道占1.6%～5.4%，其病程也较长。此外，晚期血吸虫病腹水型并发原发性腹膜炎与革兰阴性杆菌败血症者也不少见。
2.肠道并发症 流行区患者的被切除阑尾标本中找到血吸虫卵者可高达31%，常是急性阑尾炎的一种诱因，而且阑尾较易穿破，可并发腹膜炎或局限性脓肿。
血吸虫病引起的严重结肠病变所到的肠腔狭窄，可并发不完全性肠梗阻，以位于乙状结肠与直肠为多。此外，肠系膜与大网膜病变可粘连成团，形成腹内痞块。血吸虫病患者结肠肉芽肿可并发结肠癌。患者年龄较轻，大多为腺癌，恶性程度较低，转移较晚。